Heimatmuseum im "Hintermeierhaus" (ehemaliges Fischerhaus, 15. Jh.): Attraktive Neupräsentation zu Fischereiwesen und Metallhandwerk, Kleidungssitten und Wohnkultur im 19. Jahrhundert.
Haus der Stadtgeschichte im Rieder Tor: Archivalien, Skulpturen, Waffen und Münzen aus der ehemals Freien Reichsstadt.
Käthe-Kruse-Museum: Über 150 Puppen und Schaufensterfiguren der berühmten Puppenkünstlerin Käthe Kruse, mit attraktiven Sonderausstellungen
Werner-Egk-Begegnungsstätte im ehemaligen Kapuzinerkloster: Dokumente zu Leben und Werk des Komponisten und Donauwörther Ehrenbürgers Werner Egk
Städtische Kunstgalerie im Deutschordenshaus: Gemälde-Galerie untergliedert in religiöse Kunst, Porträts, Stadtansichten